達達、阿珍和安琪拉意外地回到了過去，發現地球上的人們無法使用同一種語言溝通。如果達達的父親和母親因此不能順利交往，達達就會永遠消失在地球上了！

顯微探險隊是一群個頭非常微小的生物，每個人都有不同的特殊專長，肩負著維持顯微世界和平的重要任務。可怕的塵蟎大舉入侵，佔據了家中各個角落，企圖危害人類的健康；而維護正義的顯微探險隊，馬上就在第一時間出動囉！

顯微探險隊隊員圓圓不小心被小朋友給吃進肚子裡了，顯微探險隊冒險進入人體裡搜救，除了要設法突破免疫系統的層層防衛措施，還意外發現了藏在骨頭裡的癌細胞。

經過達達、阿珍和安琪拉等三人的努力，好不容易打敗了貪心的宇宙大盜阿布雷，但是IQ球卻散落在四次元世界的各個角落裡，所以地球仍然處於一片混亂的狀態。
於是，他們再度回到四次元世界，要和益智魔王進行一場腦力大賽！

達達是個有創意但是不愛唸書的小學生，有一天，他發現身邊的人都變得很笨，只剩下他和全校成績最好的阿珍平安無事。此時，突然現身的外星美女，請求他們一起幫忙捉拿偷走地球人IQ的宇宙大盜阿布雷。
究竟這三人組合，能不能順利達成任務，搶救地球人的IQ？